Cluster
Il CRS4 CRS4 è un centro di ricerca interdisciplinare costituito dalla Regione Autonoma della Sardegna nel 1990 il cui socio unico è l'agenzia regionale Sardegna Ricerche.
Il Centro promuove lo studio, lo sviluppo e l'applicazione di soluzioni innovative a problemi provenienti da ambienti naturali, sociali e industriali. Tali sviluppi e soluzioni si basano sulla Scienza e Tecnologia dell'Informazione e sul Calcolo Digitale ad alte prestazioni.
La Mission del CRS4 è focalizzata sulla creazione di un circuito virtuoso tra sistema della ricerca e il territorio regionale, al fine di facilitare il trasferimento strutturato dei risultati della ricerca verso il sistema imprenditoriale e la ricerca clinica e biomedica.
Il progetto NIASMIC si inserisce nelle attività strategiche del settore Biosciences che gestisce una delle più grandi piattaforme di Next Generation Sequencing in Italia: next@crs4
Le attività di ricerca e sviluppo di Biosciences hanno come obiettivo lo sviluppo di piattaforme tecnologiche integrate per l’acquisizione e il processing di dati nel contesto biomedicale.
Specificatamente i filoni di ricerca di particolare rilevanza per il progetto NIASMIC sono quelli relativi allo sviluppo di protocolli sperimentali per l’acquisizione di dati di sequenziamento e di tecnologie abilitanti per l’integrazione, la tracciabilità, l’interpretazione e l’analisi di dati biologici e biomedici eterogenei.
Risorse e competenze nel settore saranno messe a disposizione del progetto
Le attività previste nell’ambito del progetto NIASMIC faranno leva sulla infrastruttura gestita dal settore Biosciences che integra le risorse di calcolo e di data storage del CRS4 con la strumentazione presente nella piattaforma di sequenziamento next@crs4. Le strumentazioni includono attualmente 1 Illumina Hiseq 3000, 3 Illumina HiSeq 2000/HiSeq2500 ed un sequenziatore Illumina MiSeq per una capacità produttiva nel 2016 di 10 TBase/mese. La NGS Core facility è stata utilizzata per progetti di ampie dimensioni in vari ambiti, tra cui sequenziamento completo di genomi umani, trascrittomica, metagenomica, identificazione di siti di legame sul DNA di proteine cromatiniche e regolatorie, sequenziamento dell'esoma e di regioni target.
Nell’area biomedica il CRS4 ha così sviluppato procedure sperimentali e informatiche in grado di gestire il flusso massivo di dati generati dalla piattaforma di sequenziamento e di estrarre dati significativi dall’analisi combinata di tutto il genoma, esoma e trascrittoma.
Da anni il CRS4 funge da driver, nel contesto nazionale sull’applicazione del next generation sequencing (NGS) a studi di grande e grandissima scala.
Tra i risultati raggiunti si possono citare i contributi allo sviluppo di metodi innovativi di terapia genica (con TIGET), alla comprensione dei meccanismi genetici di regolazione della risposta immunitaria delle cellule (con CNR-IRGB) ed all’acquisizione da parte del CRS4 di uno dei database più estesi e maggiormente caratterizzati geneticamente e clinicamente al mondo (oltre 3.000 campioni sequenziati nell’ambito di progetti con CNR-IRGB).
Attualmente, questa infrastruttura rappresenta una delle tecnologie abilitanti in linea con la strategia di specializzazione intelligente della Regione Sardegna S3 che mira allo sviluppo di un efficace e completo sistema di ricerca traslazionale e allo sviluppo di una efficace interazione ed integrazione del sistema sanitario regionale con la ricerca scientifica e tecnologica pubblica e privata.
Nel progetto sono coinvolte 6 aziende che potranno aumentare le loro conoscenze e competenze nel settore delle biotecnologie, nello specifico per lo sviluppo di test clinici non invasivi, in maniera da essere sempre più competitive all’interno di un segmento di mercato in rapida crescita.
Le imprese sono state selezionate in maniera da coprire diversi settori produttivi per cui la tecnologia sviluppata nel progetto è di estremo interesse.
Come per tutti i progetti cluster, anche per NIASMIC vale il principio della porta aperta: tutte le imprese del settore interessate a partecipare possono entrare a far parte del progetto in qualsiasi momento inviando al responsabile scientifico Giorgio Fotia e al responsabile di Sardegna Ricerche Dario Carbini il modulo di adesione
Ardea è una società nata nel 2008 che si occupa principalmente di distribuzione e vendita di prodotti e dispositivi per la ricerca biomedica e la diagnostica di laboratorio, nell’ambito della genetica, microbiologia e automazione.
Aderisce al progetto NIASMIC per valutare le possibilità di sviluppo di nuove applicazioni per il mercato della diagnostica molecolare.
All'interno del progetto rivestirà un ruolo chiave nella fase di processamento dei campioni, nello specifico per l’ottimizzazione del protocollo di estrazione, cattura e sequenziamento.
BGT-Italia è una società di biotecnologie, nata nel 2002, che si pone come soggetto imprenditoriale per lo sviluppo economico di importanti filoni di ricerca nel settore della genetica.
L’obiettivo principale di BGT è quello raccogliere informazioni genetiche di significato per la demografia genetica storica e di interesse di ricerca nel campo medico, per studi di diagnosi genetica e per studi sulla biodiversità. Altri obiettivi riguardano ricerche su malattie di origine alimentare, con l'intento di produrre e metter in commercio prodotti diagnostici e terapeutici.
Attualmente, BGT-Italia è coinvolta in tre progetti:
- Sviluppo di un test genetico per l'intolleranza al lattosio
- Attività di ricerca per lo studio e la messa a punto di una tecnologia per la produzione su scala industriale di uno o più enzimi di origine microbica, in grado di idrolizzare lo zucchero lattosio presente nella dieta umana.
- Mappatura genetica di un campione stratificato della popolazione italiana.
L’azienda e` interessata alla possibilità di sviluppare nuovi test diagnostici avvalendosi di tecnologie innovative.
All'interno del progetto, BGT-Italia sarà specificatamente coinvolta nella valutazione di NIASMIC per la diagnosi e il follow-up di pazienti oncologici.
Kitos Biotech è una start-up che fornisce supporto scientifico e sperimentale a ricercatori e aziende nel processo di drug discovery per la valutazione degli effetti citologici e molecolari su cellule umane di molecole per terapia in fase di ricerca o di sviluppo preclinico.
Inoltre, Kitos Biotech conduce una propria attività di ricerca per sviluppare una metodica predittiva della risposta farmacologica in pazienti oncologici, in grado di indirizzare il medico verso una terapia personalizzata basata sulle caratteristiche cellulari del singolo tumore.
L’interesse verso il progetto è centrato sulla possibilità di impiegare le tecnologie NGS in sinergia con la propria attività di ricerca.
All'interno del progetto, parteciperà alla valutazione di NIASMIC per la diagnosi e il follow-up di pazienti oncologici.
Microtec è un’impresa che ha come core business la vendita di strumentazione scientifica per laboratori di analisi e centri di ricerca.
L’adesione di Microtec al progetto è motivata dalla realizzazione di nuove applicazioni per la diagnostica in un segmento di mercato in rapida evoluzione.
All'interno di NIASMIC, contibuirà alla fase di processamento dei campioni, nello specifico per l’ottimizzazione del protocollo di estrazione, cattura e sequenziamento.
Nurex sviluppa e produce dal 1995 sistemi diagnostici per i laboratori clinici. Nurex è specializzata nella ricerca di soluzioni innovative per migliorare le prestazioni, la produttività ed il rapporto costo-efficacia per le applicazioni diagnostiche avanzate. Offre una vasta gamma di test e di sistemi diagnostici automatizzati in materia di tumori, malattie virali e microbiche, genetica umana, malattie metaboliche rare e monitoraggio dei farmaci.
Le possibilità di sviluppo di nuove applicazioni per la diagnostica molecolare sono il principale interesse per il progetto NIASMIC, contibuendo a due fasi cruciali del progetto:
- Ottimizzazione del protocollo di estrazione, cattura e sequenziamento
- Valutazione di NIASMIC per la diagnosi e il follow-up di pazienti oncologici
Yenetics è una start-up che ha in progetto lo sviluppo di un kit per l’analisi del DNA fetale libero circolante nel plasma materno (cffDNA) allo scopo di fornire al mercato e agli operatori sanitari un test non invasivo per lo screening prenatale (NIPT) per le malattie rare.
La possibilità di aumentare le loro conoscenze nel settore dell’analisi non invasiva basata sul sequenziamento del DNA libero circolante, è il principale interesse per il progetto NIASMIC, partecipando alla fase di processamento dei campioni, nello specifico per l’ottimizzazione del protocollo di estrazione, cattura e sequenziamento
La ChronoBenessere ha una consolidata esperienza nel settore della Cronobiologia applicata alla terapia medica (Chrono Therapeutics), settore in cui opera in collaborazione con centri di eccellenza della ricerca scientifica nazionali ed Internazionali.
L'azienda realizza e fornisce marcatori biologici e apparecchiature di prevenzione, monitoraggio e terapia dei disturbi dovuti alla desincronizzazione dei ritmi biologici: SAD (Disturbo Affettivo Stagionale), disturbi sonno-veglia, disturbi della performance, Jet-Lag (drastico cambiamento e adattamento al diverso fuso orario), gestione del lavoro a turni.
ChronoBenessere partecipa al progetto NIASMIC perché interessata alle nuove tecnologie con applicazioni nel settore della medicina di precisione
Gli Ospedali partner del progetto parteciperanno alla stesura del protocollo per l’approvazione del Comitato Etico, e alla definizione delle specifiche iniziali del progetto: raccolta, protocollo sperimentale e gestione dati clinici. Di particolare rilievo, il contributo degli ongologi nella definizione del pannello di geni da sequenziare.
Agli Ospedali spetta l'identificazione e raccolta dei campioni: biopsie e prelievi di sangue in pazienti oncologici con tumori solidi (ovaio, testa-collo, polmone, gastroenterici) e campioni di tumori ematologici.
Con l'avanzare del progetto, gli Ospedali saranno coinvolti i nella valutazione di NIASMIC per la diagnosi e il follow-up di pazienti oncologici: i dati di sequenziamento del ctDNA saranno confrontati con quelli ottenuti da biopsie solide per la validazione come strumento diagnostico e verranno sfruttate le informazioni cliniche raccolte per studiare le possibili applicazioni della tecnologia nel follow-up dei pazienti oncologici.
Hanno collaborato attivamente al progetto:
- Clinica Otorinolaringoiatria - Policlinico di Monserrato (CA)
- Anatomia Patologica UniSS - Unit of Cancer Genetics IRGB CNR Sassari
- Oncologia - Ospedale G.Gaslini Genova
